De diaconie ondersteunt en initieert allerlei initiatieven en projecten in de stad, gericht op de verbetering van de positie van mensen in knelsituaties, zoals dak- en thuislozen, ongedocumenteerde arbeidsmigranten en vluchtelingen en andere mensen op of onder het bestaansminimum.

Daarnaast heeft de diaconie projecten opgezet in enkele stadswijken, gericht op de sociale cohesie tussen de verschillende bevolkingsgroepen. Belangrijk is ook het diaconale werk van de wijkkerken.

Sociale Kruidenier (kelder Diaconie)
Een winkel, ontmoetingsplek en activiteiten om mensen een kans te bieden hun bestaan weer op orde te krijgen. In aanvulling op de Voedselbank.

Social Start
De jeugdwerkloosheid onder hoger opgeleiden neemt toe en de non-profitsector krijgt steeds minder geld. Waar het bedrijfsleven flink investeert in het binnenhalen van jong talent met traineeships, blijft de non-profitsector achter. De Diaconie zag een oplossing: SocialStart verbindt jonge mensen via een traineeship aan non-profitorganisaties.

Wereldhuis
Het Wereldhuis is een centrum voor informatie en advies, scholing en cultuur voor mensen zonder verblijfsvergunning. Het Wereldhuis is de plek om even niet afhankelijk van anderen te zijn. Hier kun je zelf actief worden.

Straatpastoraat
Het straatpastoraat, een project van de Diaconie organiseert momenten van menselijk contact, bezinning en gesprek voor daklozen. Het straatpastoraat werkt nauw samen met het drugspastoraat dat zich specifiek richt op (veelal dakloze) druggebruikers.

Hoftuin
Hoftuin is het lunchrestaurant in de prachtige tuin van de Protestantse Diaconie. Hoftuin biedt kwetsbare mensen een werkplek in de keuken.

Missionhouse
Internationale christelijke leefgroep van jongeren. Zij komen via het Erasmus programma uit heel Europa. Ze leven een jaar lang samen in het Mission House en doen tien maanden lang fulltime vrijwilligerswerk binnen de verschillende diaconale projecten in Amsterdam. Zo zetten zij zich in voor mensen met een verstandelijke beperking, dak- en thuislozen, jongeren met problemen en ouderen.

Straatjurist
Bureau Straatjurist is een juridisch steunpunt voor Amsterdamse dak- en thuislozen.

Wijkopbouwwerk
 In een aantal regio’s van Amsterdam zijn diaconaal opbouwwerkers aan de slag die de kerken helpen om invulling te geven aan hun diaconale opdracht en die activiteiten helpen organiseren die de deelname van mensen in hun eigen leefomgeving bevorderen.